Première fois que cela m'arrive en 22 ans d'utilisation de Thunderbird : je ne voyais plus les courriels qu'on m'avait envoyés. Et quand un courriel arrivait, il disparaissait aussitôt après ma lecture !
La solution :
clic droit sur le dossier Courrier entrant ;
dans la liste qui s'affiche, clic gauche sur Propriétés ;